漁民強烈質疑漁業署是假試驗之名，行圖利拖網漁業者之實，破壞海洋資源，為此台南縣數百名漁民先赴監察院陳情，要求立即禁止雙拖快速網漁船進入距岸三至十二浬海域作業。儘管漁政主管機關強調目前的實驗計畫主要是應漁民要求，且這些參與試驗的船隻都受到嚴格的監督，但是該署也不否認的確有部分參與計畫船隻違規，很顯然漁民的顧慮是有其根據的。雖然漁業署立刻剔除違規船隻，並承諾計畫結束後，會再召開公聽會，聽取各界意見才會決定是不是開放拖網漁船在沿海作業，但是漁民對這樣的說法仍然有所疑慮，最後由農委會高層同意即日起禁止四十二艘拖網漁船進入將軍漁港停靠，並在一個月內重新檢討該實驗計劃是否停止試驗，以免海洋破壞，該爭議才暫時平息。
然而此次紛爭再度點出當前漁業施政上的盲點，尤其政府對計畫擬定的嚴謹度與漁民間溝通能力均亟待加強。首先拖網漁業尤其底拖網漁業對漁業資源傷害之大國內外均有詳實證據，才會受到強烈制止。如今雖改為表、中層拖網，此種漁具漁法是否真如業者與部分學者所言不會傷害漁業資源，這不僅需要充分的科學數據來證明（相信日本方面已有許多詳細的資料可以提供政府做為輔證），更重要的癥結在於政府要如何有效防止以表、中層拖網之名行非法漁撈活動之實。從過去一再發生大陸漁產品走私、國產鰻苗走私及非法捕魚行為卻不見政府施展鐵腕來加以制止，公權力長期不彰，讓漁民對政府失去的信心，會吵的小孩才有糖吃的做法，恐怕才是此次紛爭最值得官方檢討改進的地方。而台灣沿近海漁業資源枯竭已是不爭的事實，不僅捕獲魚類體型變小，經濟價值低，像烏魚、黑鮪及飛魚等經濟性魚種捕獲量也較過去大為減少，根據東港區漁會統計，今年捕獲的黑鮪魚數量，只剩十年前的四分之一；烏魚捕撈總數，從全盛時期兩百七十萬尾，減至每年不到二十萬尾。在有限的漁業資源下，為了生存，漁民間競爭越來越激烈，才會造成今日不同作業型態漁民之間的嚴重衝突。因此從長遠永續觀點考量，政府必須去思考台灣總體漁業未來走向，訂定完整的輔導管理規範來符合國際漁業管理趨勢並設法把沿近海漁業資源的餅做大，讓漁民能捕到更多的高經濟漁獲物改善生計，恐怕才是解決紛爭的關鍵。
為了把餅做大，漁政主管機關應彙整過去大手筆委託各大專院校與水產試驗所，進行台灣沿近海漁業資源調查的資料，研擬適當的休魚制度，讓漁業資源有再生的機會。根據過去實證結果發現該制度對保護產卵群體、幼生群體、增加漁獲量、提高漁獲物品質確實有「短期」效果。不過必須在漁業資源增加量能補足漁獲量時人類的捕撈活動才會是無害的。因此光靠休漁制度只能保證資源量增加這部分，並不能對漁獲量部分做有效的控制，尤其休漁所獲得的資源量增加效果常因漁獲量超過資源增加量，而被抵消，無法遏止漁業資源過度利用的情況持續惡化。有鑑於此，政府除了應加大漁業資源人工增殖放流力度、加強漁場環境保護工作並儘快實施「海洋生態環境補償」機制（目的就是要將生態環境的外部成本內部化，形成生態環境的受益者付費、破壞者賠償、建設者和保護者得到合理補償的良性運行機制）外，更需透過客觀公正的資源生物學評估與科學建議訂定出各種經濟魚種的最適捕獲量，再依照此一數據擬訂每年各魚種可捕撈數量，再合理分配給不同型態的漁民，同時應加強海上漁業執法能力，嚴格取締不遵守規定的漁民與船東包括罰鍰、取銷漁業配額、吊銷漁業證照等等，才能化解漁民間的紛爭。然而再好的制度與規劃也需要仰賴魄力及執行力，台灣漁業政策卻始終跟不上漁民實際需求，漁業行政必須勇於改革，將對的人放在對的位置，台灣漁業才有朝向制度化、秩序化、永續化發展的一天。