一、和農業有關之條例說明
和農業較有相關的自經區條例共有五條，分別是三十三、三十八、四十一、四十二及四十七條條例，其條例及和農業關係說明如下。
1. 條例第四十二條例為 「第一類示範事業符合下列條件之一者，得輸入臺灣地區與大陸地區人民關係條例第三十五條第三項規定未准許輸入之大陸地區物品：一、供示範區加工、修理、檢驗、測試、儲存之貨物。二、運往該示範區外辦理委外加工、修理、檢驗、測試之貨物。前項物品除經管理機關核准辦理報廢或經加工成為依法得准許輸入之物品，得輸往課稅區或保稅區外，應依第四十三條規定期限內復運回示範區或全數外銷。」。另第三十八條條例是「經許可為第一類示範事業自國外輸入示範區內供營運之貨物及自用機器、設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費。」
此兩條例說明台灣將開放中國管制之農產品可進入自經區，而第三十八條條例則是讓全球及中國進來的農產品做為加工使用時，以零關稅方式進入，若生產出來的食品加工品是屬於對中國管制的2100多項農工產品，須全部外銷，若是非管制性產品，則可內銷。全世界有農業生產的國家中，只有台灣是採取完全開放且是零關稅的農產品，這將摧毀台灣的農業。當年台灣為了加入WTO已大幅度開放國外農產品進來，導致目前農產品逆差高達3000億元(台灣農業總產值一年是4700億元)，糧食自給率下降至目前的33%，表示國人消費的農產品有近七成是國外進口。但是在WTO架構中，許多敏感性產品，如花生和紅豆仍有關稅配額的政策在保護。但是自經區的條例完全零關稅的開放將導致更多國外的農產品進入，不只農業無法加值，其所帶來的社會安定、生態環境的貢獻亦一併受影響。
2. 區所設計的前店後廠，任何委託加工皆可是後廠，故國內任一地區皆屬於自經區，自經區條例第三十三條例說明「外國營利事業自行申設或委託第一類示範事業於示範區內從事貨物儲存或簡易加工，並將該外國營利事業之貨物交付國內、外客戶完成銷售者，其所得免徵營利事業所得稅。但當年度售與國內客戶之貨物，超過其當年度售與國內、外客戶銷售總額百分之十者，其超過部分不予免徵。大陸地區營利事業準用前項規定。前二項免徵營利事業所得稅之適用範圍與要件、申請程序、核定機關及其他相關事項之辦法，由主管機關會同財政部訂定之」。此條例說明自經區廠商所生產做簡易加工，如將進口茶業包裝之加工再外銷，免營利事業所得稅；內銷之產品，若比例不超過其當年度的內外銷比例10%，同樣享有免課營利事業所得稅。
3. 自經區經實質轉至後(即有35%附加價值)，產品掛MIT。而在自經區條例第四十一條免除進入自經區產品之檢驗，此將造成食品安全的漏洞。最後在自經區第四十七條條例中，符合第一類示範事業因營運所需之野生動物或其產製品，其輸入、輸出、飼養、繁殖、陳列、展示及買賣，由管理機關審查同意之；且不受野生動物保育法第二十四條第二項申請資格與利用之限制。此條例一通過，台灣大概是第一個開放野生動物買賣的先進國家。
二、農業統計和食品工業之關聯分析
1. 在農業年總產值約4,700億元，投入食品加工用之農產品產值是1,739億元(約37%) 。
2. 由農產品投入所生產之食品加工(包括食用油脂、罐頭食品、冷凍食品、調味品、乳製品及其他食品)年產值約6,000億元。 這些食品中，屬管制的食品之出口值為724億元，非管制的食品出口值為69億元。所謂管制性產品即是兩岸人民關係條例中所禁止的2100多項農工產品。
3. 以花生為例，台灣每年花生產量有56,845公噸，主要生產地區在彰化、雲林和嘉義，年產值有25億元。2012年台灣花生總進口量為14,051公噸，多從亞洲各國進口，其中從中國進口5,107公噸，約佔進口總量36.34％。另外國內所生產的花生有1/6做為花生醬，以台灣新竹名產福源花生醬(來自產地後龍)為例（馬英九總統推薦），一斤的花生米磨成一罐的700公克的花生醬，國內所生產的花生醬有11,053公噸，同時台灣亦進口2,813公噸的花生醬，其中來自中國有1,335公噸(佔總進口量的47.48)，而出口有11.9公噸。故就台灣本身的花生醬消費量而言，約有13,854公噸，國內所生產花生醬佔國內需求量的80%。
4. 花生有三成直接食用、七成加工為花生油、花生醬和花生糖及沙茶醬等產品，紅豆有兩成直接食用而八成加工為紅豆餡和紅豆粉。同樣有許多的水果和蔬菜是做加工用。
5. 國內許多敏感性農產品，如花生、紅豆、梨等皆有關稅配額的保護。亦即最多的國外農產品只會進口至配額數量。
6. 國內大部份的農產品的產地價格是高於國外的出口價格，舉例而言，台灣的茶葉只有1.5萬公噸而產地價格是每公斤450元，中國一年出口32萬公噸而價格只有90元，台灣紅豆產地價格是48元而對岸出口價格只有28元。台灣鳳梨產地價格是18元而菲律賓只有不到8元。
三、「自經區農業加值方案」對台灣農業的影響
自經區中的「農業加值」的設定中，因為是對全球及中國開放農產品進入自經區，且是零關稅，再加上有高達17%的營所稅之減免，生產完後若實質轉型可掛MIT，在考量國內農產品的價格比國外農產品高，而食品加工業者的生產成本中又以原料成本為最高比例，故自經區的食品加工業者將不會用國內農產品做為原料，而是用進口農產品，此將直接影響到利用台灣農產品做為原料加工的食品。基本上其影響會有底下四種情形。
第一種影響：從中國所進口之管制農產品所生產之管制食品(如進口花生，生產花生油) ，如圖一，這些管制性產品皆須外銷，但因免稅額減免(免進口關稅、營利事業稅及出口稅)且是掛MIT，會取代用台灣農產品為原料之出口食品。
第二種影響：從中國所進口之非管制農產品所生產之管制食品(如進口櫻桃，生產果酒) ，因免稅額減免(免進口關稅、營利事業稅及出口稅)且是掛MIT ，亦會取代用台灣農產品為原料之出口食品。
上述兩種情形下之台灣出口食品出口值為724億元。
第三種影響：從中國所進口之管制農產品所生產之非管制食品(如進口鳳梨，生產鳳梨罐頭) ，因免稅額減免(免進口關稅、營利事業稅及出口稅)且是掛MIT，會取代在國內利用台灣農產品為原料之食品。
第四種影響：從中國所進口之非管制農產品所生產之非管制性食品(如進口可可豆，生產可可粉、冰淇淋、巧克力)，因免稅額減免(免進口關稅、營利事業稅及出口稅)且是掛MIT，會取代在國內利用台灣農產品為原料之食品。
上述四種食品出口若因原料全部改採使用國外農產品時，台灣農業部門一年產值將會減少1,739億元。
除了對農業產值的影響之外，因為農業不只生產產值，亦對生態、環境、文化、糧食安全等有所貢獻，且這些外部效益的價值遠超過一年的農業的生產產值。考量自經區的設計只會讓國外農產品進口更多來取代國內做為食品加工的農產品，故糧食自給率會下降而生態環境等外部效益的價值亦減少。
另外就行政管理層面而言，自經區所謂前店後廠的設計，申請成為自經區的廠商可委託後廠來做食品加工用，此造成台灣各地區皆可生產自經區允許的事業，此時等同變相的開放對中國管制的830項農產品。我們要請問農委會如何來管理這些國外進入的農產品不會跑至非自經區? 且農委會要如何確保所生產的管制性食品會全部外銷而不會流通到國內市場上，上述兩者情形若發生，將對國內農業產生更大的衝擊。
四、其他影響
自經區的四十一條條例，免除進入自經區產品之檢驗，此將造成對消費者的食品安全產生負面的影響。以兩岸所訂的農藥殘留標準為例，台灣已核准登記使用的農藥並訂有殘留標準共有657種，但中國僅僅訂有161種，在排除這些檢驗後所進來之農產品再做食品加工之用，將對食品的品質及其安全產生疑慮。佔在維護消費者權益及MIT品牌之名譽，此條例應刪除或排除農產品及食品的品項。
自經區的設立原本是要和未來貿易自由化接軌，如加入TPP。但是條文設計卻背道而馳。 若第四十七條條例通過，將造成台灣是野生動物買賣的天堂，違反了美國貿易代表署(USTR)在2011年所公佈的「保育綠皮書」(Green Paper on Conservation) ，各國堅守野生動植物保育的法律、規定或措施是加入TPP的責任(Obligation) 。 根據華盛頓公約組織(CITES)的規定，瀕絕物種貿易僅限於非商業目的。我們卻反其而行。
五、結論與建議
盤點自經區的農業加值之最基本錯誤在於認定透過自經區可讓國內食品加工業者增加其全球外銷數量，檢視目前6000億的食品產值中，只有12%的食品產值是外銷，其餘是以國內市場為主。因為食品加工品中的生產成本主要來自於原料(即農產品)，要將原料從國外運至台灣生產再出口至其他國家，這些運費成本就難以和農業生產大國的食品廠競爭。以國內出口的花生油為例，每公斤平均價格是60元，其他國家則是40元；台灣出口的蕃茄醬價格是35元/公斤，美國只有24元。因此可以推測自經區的設立不一定會讓我們食品加工的外銷產值可以增加，但可以確定的是對國內農產品做為食品加工品有被國外農產品取代的效果。
因此我們建議，若自經區要產生台灣農業的加值，應該是進入自經區生產的廠商已享有17%的營利所得稅之減免，這些廠商就應用國內的農產品當原料，如此才能創造國內的農工雙贏。若無法做到，至少要求自經區所生產的食品加工一律外銷，最後應在食品加工品上面標示原料來源國。
圖一、農產品和食品加工品關係圖
作者陳吉仲為中興大學應用經濟系特聘教授
