馬總統在這次救災中的表現，被人拿來與李前總統的921大地震救災表現相比較，幾乎都認為李的領導能力超過馬。馬最為人所詬病的，是救災反應慢，效能低；中央、地方政府整合差，沒有統一指揮，也沒在第一時間下令國軍投入救援，枉為三軍統帥等等。
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