當部分國人反對「和平協議」，認為此「協議」是以「一個中國」為前提，將損及台灣主權地位，總統除仍表示和平問題無可迴避必須面對外，執政者隨亦指出李扁執政時期，同樣提出要簽署「和平『協定』（agreement）」，或要建立「兩岸和平穩定『架構』（frameworks）」等等，總統表示：「不要把這種為台灣人民未來謀求和平的努力把它抹紅，把它說成賣台統一。」批評反對黨主席，「為什麼她做就可以，我做就非常危險？」「別人談和平就是賣台，只有她談和平才是愛台？」
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