以頂新案「鑑定」為例，刑事訴訟的鑑定有一定的資格限制，其中，尤以鑑定的「專業性」和「中立性」最為重要。關於專業性，我國食安法第三十七條就食品（依照第三條立法定義，含原料）早有一系列的檢驗認證規定，據此，經衛福部食藥署認證的機構之鑑定報告，具有法定的專業性，可以成為法官自由心證的基礎。然而，頂新合議庭的無罪判決基礎，卻嚴重違反了食安及鑑定的規定和原則：