誣指李遠哲院長和中研院與政治結合：李遠哲院長本人自二○○○年起在選舉中確實一直支持民進黨總統候選人，但他所有的政治行動都在院外，中研院的行政作業和學術研究並未因李遠哲的政治傾向而受到政治的影響。其實，自李院長起，中央研究院並沒有和政治結合。中央研究院受政治干預是國民黨政府威權統治時期的事，例如，研究人員受到人二的嚴密掌控，有不少新人回不了國進不了中研院，都是有人二在操作（在吳大猷院長任內人二也還在運作）。再如一九七○年代末期黨政高層強迫中央研究院設置三民主義研究所（項老院士說的故事是他自己編的，不是事實）。http://talk.ltn.com.tw/article/paper/987789